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統計量から効果量を計算するパッケージ compute.es


1. 効果量計算のRパッケージ紹介
    compute.es,  effsize,  lessR,  MBESS,  rpsychi,  pwr
  効果量計算の参考資料
  1. "パッケージ"compute.es"英文マニュアル" 2015

  2. "伝えるための心理統計 効果量・信頼区間・検定力", 大久保街亜(まちあ),岡田謙介,勁草書房,2012.
  3. "検定力分析入門 Rで学ぶ最新データ解析", 豊田秀樹 編著,東京図書,2009. -検定の種類毎の効果量計算の解説がある.

2. パッケージ"compute.es"での注意
  1. このパッケージでは「伝えるための心理統計p56」のHedges'gの公式をCohen's d(mean difference)とよんでいる

  2. このパッケージでは「伝えるための心理統計p59」のバイアス補正したHedges'gの公式をHedges' g(unbiased estimate of d)とよんでいる

3. パッケージcompute.esの追加インストールとパッケージをRの内部に読み込む
    ・パッケージcompute.esをコンピュータにインストールする. このままではR内部にインストールしていないので,さらに,

    library (compute.es) # と記述し,パッケージをRの内部に読み込む. パッケージをRの内部に読み込む作業は毎回行う.

    ・パッケージcompute.esの内容を確認するには,

    ??compute.es # と記述し,パッケージの概要を表示する.効果量の計算ができる検定のリストが示される.

    ・内容は「パッケージ"compute.es"英文マニュアル」が新しい.

    用語や数式に混乱があるようで,用語,関数・式の内容は複数の文献をもとにきちんと整理確認すること

    > library (compute.es)
    
    > ??compute.es
    
    compute.es-package {compute.es}	R Documentation Compute Effect Sizes in R
    
    計算できる効果量の種類
    (1) Cohen's d(mean difference)公式はHedges'g *1
    (2) Hedges' g(unbiased estimate of d)公式はバイアス補正したHedges'g *1 
    (3) r		(correlation coefficient)
    (4) z'		(Fisher's z)
    (5) log odds ratio オッズ比,ログオッズ比
    
    (6) the variances, confidence intervals and p-values of the above estimates
    (7) Other statistics: NNT, U3, CLES, Cliff's Delta
    
    The functions in this package can compute the effect sizes from a single study 
    or from multiple studies simultaneously. The compute.es package uses recommended 
    conversion formulas as described in The Handbook of Research Synthesis 
    and Meta-Analysis (Cooper, Hedges, & Valentine, 2009).
    
    Structure of Functions
    
    The function names for this package are designed for quick processing, 
    such that the first part of the function corresponds to the input method 
    (statistical information reported in the study) and the remaining part 
    corresponds to the output values, which are the effect size estimates 
    ('es' at the end of each function). For example, the function des() has 
    the input of a Cohen's d and will output various effect size ('es') estimates.
    
    The other function inputs and names are as follows:
    
    統計量から各種の効果量に換算できる関数と検定種類
    Means:			mes()	2群の平均値の差を各種効果量に変換,95%CIも計算 計算事例
    
    t-test:			tes()	2群のt検定値を各種効果量に変換,95%CIも計算  計算事例
    
    Chi-squared (1df):	chies()	2x2のカイ二乗値を各種効果量に変換,95%CIも計算 計算事例
    
    Correlation:		res()	相関係数rを各種効果量に変換,rの95%CIも計算  計算事例
    
    Proportions (binary):	propes()2x2,2値データの比率の差を各種効果量に変換,95%CI計算 計算事例
    Failure group (binary):	failes()2x2,2値データの比率の差を各種効果量に変換,95%CI計算
    
    ------未チェツク--------------
    d-statistic:		des() Hedges'g をバイアス補正したHedges'g に変換
    F-test:			fes() 2群のF検定値を各種効果量に変換
    Log odds ratio:		lores()2群のlog(オッズ比)を各種効果量に変換
    p-value:		pes() 
    Means (pooled sd):	mes2()
    ANCOVA p-value:		a.pes()
    ANCOVA t-test:		a.tes()
    ANCOVA F-test:		a.fes()
    ANCOVA means:		a.mes()
    ANCOVA means (pooled sd):a.mes2()
    
    *1 "伝えるための心理統計 効果量・信頼区間・検定力", 大久保街亜(まちあ),岡田謙介,勁草書房,2012.

4. 対応のない(独立な)2群の平均値の差の効果量計算の関数と使用法を理解する.
    ・2群の平均値の差の検定での効果量を計算する関数として mes( ) とtes( )がある.用語,関数・式の内容は他の文献をもとにきちんと確認すること

    ・平均値の差の検定での効果量を計算する関数 mes( ) の内容と使用法を確認するには,

    help(mes) # と記述し効果量の計算のパラメータの解説が表示される.
    ? mes # と記述しても同じである.

    ・内容は「パッケージ"compute.es"英文マニュアル」が新しい.

    > help(mes) # 対応のない(独立な)2群の平均値の差の効果量
    
    mes {compute.es}R Documentation Means to Effect Size
    
    Description
    Converts raw mean scores to an effect size of d (mean difference), 
    g (unbiased estimate of d), 
    z' (Fisher's z), and log odds ratio. The variances, confidence 
    intervals and p-values of these estimates are also computed, 
    along with NNT (number needed to treat), 
    U3 (Cohen's U_(3) overlapping proportions of distributions), 
    CLES (Common Language Effect Size) and Cliff's Delta.
    
    Usage 使用法
    
    mes(m.1, m.2, sd.1, sd.2, n.1, n.2, level=95, cer=0.2, dig=2, 
    		verbose=TRUE, id=NULL, data=NULL)
    
    Arguments 引数(平均値の差の検定結果から次の変数を入力)
    
    m.1	A群の平均値 Mean of group one.
    m.2	B群の平均値 Mean of group two.
    sd.1	A群の標準偏差 Standard deviation of group one.
    sd.2	B群の標準偏差 Standard deviation of group two.
    n.1	A群のサンプル数 Sample size of group one.
    n.2	B群のサンプル数 Sample size of group two.
    
    level	95%信頼区間 Confidence level. Default is 95%.
    cer	B群イベント発生率 Control group Event Rate 
    	(e.g., proportion of cases showing recovery). 
    	Default is 0.2 (=20% of cases showing recovery). 
    dig	表示する有効桁数 Number of digits to display. 
    	Default is 2 digits.
    verbose	Print output from scalar values? If yes, then verbose=TRUE; 
    	otherwise, verbose=FALSE. Default is TRUE.
    id	Study identifier. 
    data	name of data.frame. Default is NULL, assuming a scalar is 
    	used as input. 
    
    Value 出力される効果量のリスト
    
    d	平均値の差の効果量 Standardized mean difference (d).
    注意:dはCohen's dではなくHedges'g g.biased
    var.d	Variance of d.
    l.d	下側95%信頼区間 lower confidence limits for d.
    u.d	上側95%信頼区間 upper confidence limits for d.
    
    U3.d	Cohen's U_(3), for d.
    cl.d	Common Language Effect Size for d.
    cliffs.d	Cliff's Delta for d.
    p.d	p-value for d.
    
    g	平均値の差の効果量 Unbiased estimate of d. 
    注意:gはHedges'gでなくバイアス補正したHedges'g g.unbiased
    var.g	Variance of g.
    l.g	下側95%信頼区間 lower confidence limits for g.
    u.g	上側95%信頼区間 upper confidence limits for g.
    
    U3.g	Cohen's U_(3), for g.
    cl.g	Common Language Effect Size for g.
    p.g	p-value for g.
    
    r	Correlation coefficient.
    var.r	Variance of r.
    l.r	lower confidence limits for r.
    u.r	upper confidence limits for r.
    p.r	p-value for r.
    
    z	Fisher's z (z').
    var.z	Variance of z'.
    l.z	lower confidence limits for z'.
    u.z	upper confidence limits for z'.
    p.z	p-value for z'.
      ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
      ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
    N.total	Total sample size.
    NNT	Number needed to treat.
    
    Note
    Detailed information regarding output values of:
    (1) Cohen's d, Hedges' g (unbiased estimate of d) and variance
    (2) Correlation coefficient (r), Fisher's z', and variance
    (3) Log odds and variance
      ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
      ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
    
    > help(tes) # 対応のない(独立な)2群の平均値の差のt検定の効果量
    
    tes {compute.es}R Documentation t-test Value to Effect Size
    
    Description
    Converts a t-test value to an effect size of d (mean difference), 
    g (unbiased estimate of d), r (correlation coefficient), 
    z' (Fisher's z), and log odds ratio. The variances, confidence 
    intervals and p-values of these estimates are also computed, 
    along with NNT (number needed to treat), 
    U3 (Cohen's U_(3) overlapping proportions of distributions), 
    CLES (Common Language Effect Size) and Cliff's Delta.
    
    Usage 使用法
    
    tes(t, n.1, n.2, level = 95, cer = 0.2, dig = 2, 
    		verbose = TRUE, id=NULL, data=NULL)
    
    Arguments 引数(t検定の結果から次の変数を入力)
    
    t	t検定値 t-test value reported in primary study.
    n.1	A群のサンプル数 Sample size of group one.
    n.2	B群のサンプル数 Sample size of group two.
    
    
    
    
    level	95%信頼区間 Confidence level. Default is 95%.
    cer	B群イベント発生率 Control group Event Rate 
    	(e.g., proportion of cases showing recovery). 
    	Default is 0.2 (=20% of cases showing recovery). 
    dig	表示する有効桁数 Number of digits to display. 
    	Default is 2 digits.
    verbose	Print output from scalar values? If yes, then verbose=TRUE; 
    	otherwise, verbose=FALSE. Default is TRUE.
    id	Study identifier. 
    data	name of data.frame. Default is NULL, assuming a scalar is 
    	used as input. 
    
    Value 出力される効果量のリスト
    
    d	平均値の差の効果量 Standardized mean difference (d).
    注意:dはCohen's dではなくHedges'g g.biased
    var.d	Variance of d.
    l.d	下側95%信頼区間 lower confidence limits for d.
    u.d	上側95%信頼区間 upper confidence limits for d.
    
    U3.d	Cohen's U_(3), for d.
    cl.d	Common Language Effect Size for d.
    cliffs.d	Cliff's Delta for d.
    p.d	p-value for d.
    
    g	平均値の差の効果量 Unbiased estimate of d. 
    注意:gはHedges'gでなくバイアス補正したHedges'g g.unbiased
    var.g	Variance of g.
    l.g	下側95%信頼区間 lower confidence limits for g.
    u.g	上側95%信頼区間 upper confidence limits for g.
    
    U3.g	Cohen's U_(3), for g.
    cl.g	Common Language Effect Size for g.
    p.g	p-value for g.
    
    r	Correlation coefficient.
    var.r	Variance of r.
    l.r	lower confidence limits for r.
    u.r	upper confidence limits for r.
    p.r	p-value for r.
    
    z	Fisher's z (z').
    var.z	Variance of z'.
    l.z	lower confidence limits for z'.
    u.z	upper confidence limits for z'.
    p.z	p-value for z'.
      ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
      ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
    N.total	Total sample size.
    NNT	Number needed to treat.
    
    Note
    Detailed information regarding output values of:
    (1) Cohen's d, Hedges' g (unbiased estimate of d) and variance
    (2) Correlation coefficient (r), Fisher's z', and variance
    (3) Log odds and variance
      ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
      ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
    

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